[center]生物化学大分子性质与功能
氨基酸的理化性质,肽.
一.氨基酸的理化性质
I. 两性解离及等电点: 所有的aa均含碱性的α-氨基和酸性的α羟基,可在酸性溶液中与H+结合为带正电的阳离子(-NH3);也可在碱性溶液中与OH-结合失去质子变成带负电荷的阴离子(-COO-).故氨基酸为两性电解质,具有两性解离的特性. 在某一Ph值溶液中,aa解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等,成为兼性离子,呈点中性,此时溶液的pH值为该aa的等电点(isoelectric point pI).pI=1/2(pK1+pK2)
II.紫外线吸收性质 色氨酸,酪氨酸的最大吸收峰280nm波长附近.(多数蛋白质均含此二种aa, 故为分析蛋白质含量的快速简便的方法)
III.茚三酮反应 aa与茚三酮水合物共热,茚三酮水合物被还原,其还原产物与aa加热分解产生氨结合,并与另一分子茚三酮缩合为蓝紫色化合物.此化合物最大吸收峰在570nm波长处.可作为aa定量分析之方法.
二.肽
1.肽Peptide 蛋白质中的氨基酸互相结合成多肽链.例如2分子甘氨酸互相结合脱1分子水成甘氨酰甘氨酸,此为最简单的肽,即二肽.此二肽中连接两个氨基酸的酰氨键为称肽键.10个以内氨基酸相连接成的肽为寡肽,更多的氨基酸相连接称多肽polypeptide.肽链中氨基酸分子因脱水而基团不全,称氨基酸残基residue.蛋白质就是由许多氨基酸残基组成的多肽链.肽键是介于单键与双键之间的化学键,具有不稳定性.用-CONH-表示 具有氮端与碳端,书写顺序为从N端至C端.
2.生物活性肽 重要的生物活性肽为GSH,G为谷氨酸,SH为巯基,主要的功能基团.具有重要的还原作用.作为重要的还原剂保护机体内蛋白质或酶分子免遭氧化;还原细胞内产生的H2O2为H2O;组织嗜电子毒物如药物,致癌剂等与细胞DNA结合.
3.蛋白质的一级结构及高级结构。
一级结构即为氨基酸的序列,肽键为其稳定的直接力量. 牛胰岛素由51个氨基酸组成,其中含有3个二硫键,一级结构中包含二硫键结构. 一级结构确定了氨基酸的空间结构及生物学功能.
二级结构为蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构,即该段肽链的主链骨架原子的相对空间位置,实为肽单元或称肽平面的空间序列.( 参与肽键的6个原子Cα1,C,O,N,H, Cα2位于同一平面,各原子在此平面不可自由旋转,故形成所谓肽平面或称肽单元). 二级结构主要有四种,分别是α螺旋,β折叠,β转角,无规卷曲.
α-螺旋 多肽链的主链围绕中心轴有规则的上升,螺旋的走向为右手螺旋;3.6个氨基酸残基上升一周;螺距为0.45nm,每个肽键的N-H和第四个肽键的羰基形成氢键,方向与主轴方向基本平行;肽链中全部肽键均可形成氢键,以稳固结构.毛发角蛋白,肌球蛋白,纤维蛋白的多肽链几乎均为本结构.
β-折叠 呈折纸状,多肽链充分伸展,每个肽单元以Cα为旋转点,依次折叠成锯齿结构. 此结构一般较短,含5-8个氨基酸残基,两条以上的肽链或一条肽链内的若干肽段的锯齿结构可平行,此时其间距为0.7nm,并通过肽链间的肽羰基氧和亚氨基氢形成氢键而稳固本结构。蚕丝蛋白几乎全都是β-折叠
β转角 常发生于肽链进行180度回折时的转角上,4个氨基酸残基可完成此结构
无规卷曲 用来阐述没有确定规律性的那部分结构.
许多蛋白质具有2种或以上的结构形式.通常,球形蛋白质一般以α-螺旋为主,纤维状蛋白质一般以β-折叠为主.
三级结构为所有原子的空间排布位置,实为侧链各基团的相互作用.稳定力主要靠各次级键如疏水作用,氢键,Van der Waals力,二硫键等.
四级结构,具有亚基结构的蛋白质的亚基排布及亚基间接触部位和相互作用.疏水作用为主要稳定
4.蛋白质结构和功能的关系。
蛋白质的功能主要要由其空间结构决定,而蛋白质的一级结构决定了其空间结构.故一级结构亦决定其功能.
肌红蛋白(1条肽链),血红蛋白(4条肽链).
协同效应:一个亚基与其配体结合后,可影响此寡聚体的另一亚基与配体的结合. 如此作用为促进的,则为正协同效应,反之为负协同效应.
变构效应:一个亚基与起配体结合后可影响此寡聚体的配体构象发生变化的效应.
例如:血红蛋白中的第一个亚基与O2结合后,引起亚基间结构松弛(变构效应),促使第二个亚基与O2结合,依次类推促使第三,四个亚基与O2结合,以完成整个血红蛋白的携氧过程(正协同效应).
5.蛋白质末端氨基酸的分析。
1. 分析已经纯化蛋白质的氨基酸残基组成.计算各氨基酸在蛋白质中的百分组成或个数.
2. 测定多肽链的氨基末端于羧基末段为何种氨基酸(羧肽酶水解C端氨基酸残基)
3. 把肽链水解为片段,分别进行分析.
4. 测定各肽段的氨基酸排列顺序.
6.蛋白质的理化性质
两性解离 两端氨基及羧基均可解离,故具有两性解离趋势.在一定溶液pH值下蛋白质解离为正,负离子的趋势相同时,此pH值称为该蛋白质的等电点. 蛋白质溶液的pH值大于等电点时,蛋白质颗粒带负电荷,反之带正电荷.
沉淀 某些理化因素导致蛋白质变性后,疏水侧链暴露,肽链融汇相缠绕而聚集,因而从溶液中析出的现象.变性的蛋白质容易沉淀,而沉淀的蛋白质不一定是变性的.
变性 某些理化因素下,蛋白质特定的空间构象被破坏,从而导致其理化性质的改变和生物功能的丧失的现象.主要涉及二硫键及非共价键的改变而无一级结构的改变.
凝固 蛋白质经强酸,强碱作用发生变性后,仍能溶解于该溶液中.若将溶液pH调至其pI,则变性蛋白质立即结为絮状的不溶解物,此时加热可形成坚硬的凝块,该凝块不易融于强酸,强碱溶液.此现象为凝固.
呈色反应 茚三酮反应;双缩脲反应(紫色或红色,氨基酸无此反应),可用来检测蛋白质水解程度.
7.分离、纯化蛋白质的一般原理和方法
丙酮沉淀及盐析: 破坏蛋白质在水溶液的稳定因素而沉淀. 丙酮沉淀蛋白质后应立即分离,否则会使蛋白变性.
电泳:蛋白质在高于或低于其pI时带电,在电场中可移动.根据蛋白质在电场中泳动而分离蛋白质.
透析:利用蛋白质的大分子性质.半透膜(透析带)允许分子量在10 000以下的分子通过,蛋白质为大分子,不可通过,即可达到分离的目的.若袋外放置吸水剂,可达到浓缩的目的.
层析:分离纯化蛋白质的重要手段.在某一pH时,各蛋白质电荷量及性质不同,故可通过离子交换层析分离.
分子筛:层析的一种,层析柱内填充带有小孔的颗粒(葡聚糖制成).小分子蛋白质通过时进入孔内,在柱中停留时间长,大分子不能进入孔内而径直流出.从而得以分离.
超速离心 既可以分离纯化蛋白质亦可以测定蛋白质分子量.对于球形蛋白质,沉降系数与分子量成正比
8.核酸
核酸的基本组成单位为核苷酸. 核苷酸由碱基,磷酸及戊糖组成.构成核苷酸的碱基主要有5种,分别属于嘌呤和嘧啶结构.嘌呤类化合物主要包括腺嘌呤(A),鸟嘌呤(G),胞嘧啶(C),胸腺嘧啶(T),尿嘧啶(U).其中A,G,C,T存在于DNA中,A,G,C,U,存在于RNA中.嘌呤和嘧啶的结构中均含有共轭双键,故在260nm紫外线有强吸收峰.
9.核酸的一级结构,核酸的空间结构与功能
核酸的一级结构即为核苷酸的排列顺序,称为核苷酸序列.也叫碱基序列.四种脱氧核苷酸按一定的排列顺序以磷酸二酯键相连形成的多聚脱氧核苷酸链称DNA(RNA与其差别为核苷酸的戊糖成分是核糖而不是脱氧核糖,,RNA,中的碱基分别为A,G,C,U.).这些脱氧核苷酸的连接具有严格的方向性,以3’,5’磷酸二酯键相连为一个没有分之的线性大分子.他们的两个末端分别称为5’末端和3’末端.书写规则是从5’到3’.
DNA
DNA的空间结构: 双螺旋结构.
特点:1 反向平行的互补双链结构 2.是右手螺旋结构 3.双螺旋结构的稳定在横向依靠碱基对之间的氢键,纵向依靠疏水作用. 4.自然界中存在B-DNA结构(即上述结构),还有Z-DNA,A-DNA结构的存在.
在原核生物中,DNA以封闭环状超螺旋结构存在.在真核生物中,以染色质形式存在.染色体的基本结构是核小体.核小体由DNA和组蛋白共同组成,其中组蛋白H1以连接蛋白存在.其余H2A,H2B,H3,H4各两分子组成八聚体,DNA分子缠绕在其上构成核小体.核小体的核心颗粒之间由DNA和连接蛋白连接起来形成串珠样结构.
DNA的功能:是遗传信息的载体,是个体生命活动的基础.其碱基顺序与蛋白质的氨基酸顺序间的关系称遗传密码,决定了不同蛋白质分子的氨基酸顺序
RNA
分子较DNA小,种类较DNA多.主要的RNA种类:
mRNA: 信使RNA 在细胞核内合成,后转移到细胞质中.初级产物较成熟产物大的多.含量最少.
特点1.大多数真核RNA在转录后加了一个7-甲基鸟苷.同时第一个核苷酸的C’2也是甲基化的.这种m7GpppNm结构被称为帽子结构.可促进核蛋白体与mRNA的结合,加速翻译起始速度的作用,同时增强mRNA的稳定性.2.真核mRNA的3’末端,大多有一长短不一的多聚腺苷酸结构(Poly A).亦称为多聚A尾.于mRNA稳定性有关.
tRNA:转运RNA.分子量最小的一类RNA.
特点:1.含稀有碱基2二级结构为三叶草样结构.左右两侧的环状结构分别为DHU环及Tφ环.下方的环为反密码环.反密码环中间的3个碱基为反密码子,与mRNA上相应的三联体密码子形成(反向)碱基互补.
rRNA:核蛋白体RNA.细胞内含量最多的一类RNA.
rRNA与核蛋白体蛋白共同构成核蛋白体或称为核糖体.原核生物和真核生物的核蛋白体均由易于解聚的大,小两个亚基组成.原核生物的小亚基有16s,大亚基有23s,5s两种.真核生物的小亚基有18s,大亚基有28s,5.85s,5s三种.
10.核酸的变性、复性及杂交
变性

NA在某些理化因素作用下,DNA分子互补碱基对之间的氢键断裂,使DNA分子双螺旋结构松散,变成单链,即为其变性.检测变性的指标之一为DNA在紫外区260nm处的吸光值的变化. 解链过程中,DNA的A260值增加,与解链程度有一定比例关系,称增色效应.在A260达到最大值的50%时的温度称DNA的解链温度,又称溶解温度(Tm).在Tm时,有一半的DNA双链被解开.Tm值于该DNA分子所含碱基中G+C比例成正相关.
复性:变性DNA在适当条件下,两条互补链可重新恢复天然的双螺旋构象,此现象即为DNA的复性.
杂交:复性过程中,若将不同的DNA单链分子放在同一溶液中,或将DNA,RNA分子放在一起,双链分子的在形成既可发生在序列完全互补的核酸分子之间,也可发生在碱基序列部分互补的不同DNA之间或DNA与RNA之间.这种现象称杂交.
11.酶的基本概念,全酶,辅酶和辅基,酶的活性中心
酶:是活细胞合成的,对其特异底物起高效催化作用的蛋白质,是机体内催化各种代谢反应最主要的催化剂.
酶按分子组成分单纯酶及结合酶两种.单纯酶仅由氨基酸残基构成.结合酶由蛋白质部分和非蛋白质部分组成.前者称酶蛋白,后者称辅助因子.酶蛋白与辅助因子结合形成的复合物称全酶
酶的辅助因子按其与酶的结合紧密程度与作用特点不同分辅酶及辅基.
辅酶与酶蛋白结合疏松,可用透析或超滤的方法除去.在反应中作为底物接受质子或基团后离开酶蛋白,参加另一酶促反应并将所带质子或基团转移出去,或者相反.
辅基则与酶蛋白结合紧密,不能通过透析或超滤除去.在反应中辅基不能离开酶蛋白.
金属离子多为辅基,小分子有机化合物的有的属于辅酶(NAD+,NADP+等);有的属于辅基(FAD,FMN生物素等)
与酶的活性密切相关的基团称酶的必需基团.这些必须基团在空间结构上彼此靠近,组成具有特定空间结构的区域,能与底物特意地结合并将底物催化为产物,这一区域称为酶的活性中心.活性中心内的必须基团有两种,一种是结合基团,与底物结合,使底物与酶的一定构象形成复合物;另一是催化基团,影响底物中某些化学键的稳定性,催化底物发生化学反应并将其转变为产物
12.酶原的激活原理
有些酶在细胞内合成或起初分泌时只是酶的无活性前体,在一定条件下,这些酶的前体水解一个或几个特定的肽键,致使构象改变,表现出酶的活性.这种无活性的酶的前体称酶原.酶原的激活实际上是酶的活性中心的形成或暴露过程.
胃蛋白酶,胰蛋白酶,胰凝乳蛋白酶,羧基蛋白酶,弹性蛋白酶在
13.酶作用机制;酶反应动力学,酶抑制的类型和特点。
酶催化作用的原理是降低反应的活化能.酶首先与底物结合成酶-底物复合物,此复合物再分解为产物和游离的酶. 表示为E+SßàESàE+P 其中E表示酶;S表示底物;P表示产物.
方程表示的是反应速度和底物浓度的关系.其中Vmax是最大反应速度,[S]为底物浓度; Km为米氏常数.
1.Km等于酶促反应速度为最大速度一半时的底物浓度
2.Km可用来表示酶对底物的亲和力,Km越小,亲和力越大,反之亦然.
3.Km是酶的特征性常数之一,只与酶的结构,所催化的底物和反应环境有关,与酶浓度无关.对于同一底物,不同的酶有不同的Km值;多底物反应功能的酶对每个底物也有不同的Km值.
4.转换数表示:当酶被底物充分饱和时,单位时间内每个酶分子(活性中心)催化底物转变成产物的分子数.
5.在图形表示:
双倒数作图法(林-贝氏作图法) Hanes作图法
横坐标上的截距 -1/Km -Km
纵坐标上的截距 1/Vmax Km/Vmax
斜率 Km/Vmax 1/Vmax
酶促反应在一定条件下(温度,酸碱度)反应进行的速度最大,该温度即为其最适温度,该pH值为其最适pH值.
酶的抑制:凡能使酶的催化活性下降而不引起酶蛋白变性的物质统称酶的抑制剂. 根据抑制剂与酶结合的紧密程度不同,酶的抑制作用分不可逆性抑制作用(抑制剂通常以共价键与酶活性中心上的必需基团结合,使酶失活)及可逆性抑制作用(抑制剂通常以非共价键与酶和(或)酶-底物复合物可逆性结合,使酶的活性降低或消失)
可逆性抑制作用分类:
竞争性抑制作用 非竞争性抑制作用 反竞争性抑制作用
机理 抑制剂与酶的底物结构相似,可与底物竞争酶的活性中心,从而阻碍酶与底物结合形成中间产物.抑制剂与酶的结合为可逆,抑制程度取决于抑制剂与酶的相对亲和力与底物浓度的相对比例. 抑制剂与酶活性中心外的必需基团结合,不影响酶与底物的结合.酶与底物的结合亦不影响与抑制剂的结合.但酶-底物复合物不能进一步释放产物. 抑制剂与酶-底物复合物结合,使中间产物ES的量下降.既减少ES转化为产物的量,又减少中间产物解离出游离酶和底物的量.
表观Km变化 升高(由于竞争,亲和力下降) 不变(底物与酶的亲和力不受影响) 减小
Vmax变化 不变(增加底物浓度,亦可使反应速度达到最大) 减小(抑制剂的存在) 减小
14.同工酶,变构酶
变构酶:体内一些代谢物可与某些酶分子活性中心外的某部位(变构部位)可逆地结合,使酶发生变构并改变其催化活性.对酶催化活性的这种调节方式称变构调节.受变构调节的酶称变构酶.导致变构效应的代谢物为变构效应剂.
同工酶:催化相同化学反应,而酶蛋白的分子结构,理化性质甚至免疫学性质不同的一组酶.同工酶存在于同一种属或同一个体的不同组织或同一细胞的不同亚细胞结构中.在代谢调节上起重要作用.
如 乳酸脱氢酶(LDH)有五种同工酶,他们是LDH1(主要存在于心肌),LDH2,LDH3,LDH4,LDH5(主要存在于肝脏).
15.维生素的作用
维生素是指机体维持正常功能所必需,但体内不能合成,或合成量很少,必须食物供给的一组低分子量有机物质.他们在调节物质代谢和维持生理功能方面具有重要作用.亦是使多种酶发挥正常催化作用的辅助因子长期缺乏某种维生素,会导致维生素缺乏症.
16.参与组成辅酶的维生素
Vitamin 活性形式 酶
B1 TTP α-酮戊二酸脱氢酶
B2 FMN,FAD 黄素酶
PP NAD+,NADP+ 不需氧脱氢酶
B6 磷酸吡哆醛(胺) 氨基酸转氨酶氨基酸脱羧酶
泛酸 HSCoA 酰基转移酶
生物素 生物素 羧化酶
叶酸 FH4 一碳单位转移酶
B12 甲钴胺素,5’-脱氢腺苷钴胺素 甲基转移酶